Analisis Keragaman Genetik dan Hubungan Filogenetik di Antara Ras Sapi Asli Indonesia Menggunakan Penanda Mikrosatelit: Sebuah Tinjauan

Analisis Keragaman Genetik dan Hubungan Filogenetik di Antara Ras Sapi Asli Indonesia Menggunakan Penanda Mikrosatelit: Sebuah Tinjauan

Penulis: Rini Hastarina, Agung Purnomoadi, Sutopo Sutopo, Dela Ayu Lestari, Fatmawati Mustofa, Putu Novia Gariri, Pupus Galau Prahara, Firda Tasya Kamila, Syaddad Verahry Philco, Maulida Arkaan Muhammad Da’i, and Asep Setiaji

ABSTRAK

Indonesia adalah rumah bagi beragam ras sapi asli - seperti Aceh, Bali, Madura, dan Sumba Ongole - yang secara unik beradaptasi dengan lingkungan regional mereka dan merupakan bagian integral dari warisan pertanian dan budaya negara. 

Tinjauan ini mensintesis penelitian terkini tentang keragaman genetik dan hubungan filogenetik sapi asli Indonesia menggunakan penanda mikrosatelit, alat molekuler yang kuat untuk menilai variasi genetik. 

Analisis dari berbagai studi mengungkapkan bahwa isolasi geografis, pemuliaan selektif, dan praktik yang dimediasi manusia telah membentuk struktur genetik populasi ini. 

Secara khusus, sapi Bali dan Madura menunjukkan kelompok genetik yang berbeda yang mencerminkan isolasi pulau dan tradisi pemuliaan yang telah lama ada. Temuan juga menggarisbawahi kekhawatiran mengenai erosi genetik yang disebabkan oleh perkawinan silang yang tidak terkontrol dengan ras eksotis, yang mengancam kemampuan adaptasi lokal dan meningkatkan risiko perkawinan sedarah. 

Parameter genetik utama - termasuk kekayaan alel, heterozigositas, dan koefisien perkawinan sedarah - menunjukkan berbagai tingkat integritas genetik di antara ras-ras tersebut, dengan beberapa populasi menunjukkan tanda-tanda depresi perkawinan sedarah. Data mikrosatelit lebih lanjut menunjukkan pemisahan filogenetik yang jelas di antara ras-ras tersebut, menawarkan wawasan berharga untuk identifikasi ras dan perencanaan konservasi. Kekuatan utama tinjauan ini terletak pada integrasi komprehensif studi genetik di berbagai ras dan pulau, memberikan perspektif skala nasional. 

Namun, keterbatasannya meliputi kurangnya representasi ras tertentu dan ketergantungan pada data mikrosatelit tanpa integrasi alat genomik beresolusi tinggi. Penelitian di masa mendatang harus menggabungkan teknik molekuler canggih (misalnya, susunan polimorfisme nukleotida tunggal dan pengurutan seluruh genom) dan pemantauan longitudinal untuk menginformasikan strategi konservasi yang ditargetkan. 

Tinjauan ini menganjurkan penggabungan data genetik molekuler ke dalam program pemuliaan dan konservasi nasional. Penguatan inisiatif tersebut sangat penting untuk melestarikan sapi asli Indonesia sebagai sumber daya genetik yang berharga untuk produksi ternak yang tahan terhadap perubahan iklim dan berkelanjutan.

Kata kunci: konservasi ras, keanekaragaman genetik, perkawinan sedarah, sapi Indonesia, penanda mikrosatelit, filogenetika, peternakan berkelanjutan

Sumber: https://doi.org/10.14202/vetworld.2025.1036-1046

Tanggal terbit: 30 April 2025